Наиболее полезным применением ацидофилина считается употребление отдельно от приёмов пищи, как самостоятельное блюдо или спустя 30 минут после еды. Не сочетается с маринадами, соленьями, жирной и жареной пищей. Приятная гармония с хлебобулочными изделиями, сухофруктами, мюслями, кукурузными хлопьями. Для подслащивания можно использовать фруктовые соки, мёд и сахар. Рекомендуется пить нагретым до комнатной температуры.